海關編號指申報單位或預錄入單位對該單位填制錄入的報關單的編號，用于該單位與海關之間引用其申報后尚未批準放行的報關單。報關單錄入憑單的編號規則由申報單位自行決定。預錄入報關單及EDI報關單的預錄入編號由接受申報的海關決定編號規則，計算機自動打印。指海關接受申報時給予報關單的編號。海關編號由各海關在接受申報環節確定，應標識在報關單的每一聯上。

  報關單海關編號為9位數碼，其中前兩位為分關(辦事處)編號，第三位由各關自定義，后六位為順序編號。各直屬海關對香港貨代公司進口報關單和香港貨代公司出口報關單應分別編號，并確保在同一公歷年度內，能按進口和出口唯一地標識本關區的每一份報關單。進口口岸/出口口岸。指貨物實際進(出)我國關境口岸海關的名稱。本欄目應根據貨物實際香港貨代公司進(出)口的口岸海關選擇填報《關區代碼表》中相應的口岸海關名稱及代碼。
  加工貿易合同項下貨物必須在海關核發的《登記手冊》(或分冊，下同)限定或指定的口岸與貨物實際進出境口岸不符的，應向合同備案主管海關辦理《登記手冊》的變更手續后填報。
  進口轉關運輸貨物應填報貨物進境地海關名稱及代碼，出口轉關運輸貨物應填報貨物出境地海關名稱及代碼。按轉關運輸方式監管的跨關區深加工結轉貨物，出口報關單填報轉出地海關名稱及代碼，進口報關單填報轉入地海關名稱及代碼。其他未實際進出境的貨物，填報接受申報的海關名稱及代碼。